Het Klooster is in 1899 gebouwd naar ontwerp van de architect J.H. Tonnaer uit Delft in opdracht van de Franciscanenorde.

Vanaf 1920 was in het klooster het centrum voor missiewerk van de Franciscanenorde gevestigd. Leegloop van de orde leidde uiteindelijk tot de verkoop van het kloostergebouw aan de gemeente Woerden in 1978, waarna het de functie kreeg van streeksmuziekschool. Inmiddels is in het gebouw het theater en het centrum voor kunsteducatie gevestigd. De hoofdstructuur van het gebouw is grotendeels behouden.

Op de begane grond bevonden zich een gastenkwartier, refter, keuken, bibliotheek, sacristie, kapittelzaal en een bergruimte. De verbinding met de kerk was via de recreatiezaal, thans het parochiecentrum De Dam. Op de verdieping lagen het dormitorium met zesentwintig cellen, een kapel en ziekenboeg. op de zolderverdieping waren nog eens zestien cellen voor Lekenbroeders, voorts een naaiatelier en opslag voor pijen voor reizende paters.

Het monumentale pand was voorheen het assistentieklooster van de Franciscanen. Het Rooms Katholieke klooster in het calvinistische stadje Woerden werd vooral als tijdelijk onderkomen gebruikt door reizende paters minderbroeders. Rond 1850 versterkte de positie van de katholieken in het land. In het noorden en midden van het land ontstonden steeds meer parochies. Deze werden bestuurd door pastoors en kapelaans in de orde van de franciscaner monniken. De parochies in het midden en noorden waren regelmatig onderbezet. Deze werden namelijk enkel en alleen geleid door een kapelaan en een pastoor. Wanneer een van deze heren ziek was werd er contact opgenomen met de hoogste bestuurder die gevestigd was in Weert. Deze provinciaal overste zorgde dan voor een vervanger. Deze vervangers konden uit elk deel van het land opgeroepen worden en omdat de infrastructuur in die tijd nog niet al te best geregeld was kon dit soms enkele dagen duren. Omdat er een geschikte overnachting plaats moest komen werd er daarom in 1897 gestart aan de bouw van het zogenaamd “doorreis” klooster. Er werd gekozen voor deze locatie omdat hier een kerk en een goede treinverbinding was vanuit het dichtbij zijnde station. De bouw van het pand duurde twee jaar en werd in 1899 afgerond.

Het beeld van Fransiscus van Assisi dat zich aan de voorkant van het pand bovenin bevindt, staat voor eenvoud, verdraagzaamheid, oprechtheid, onderlinge liefde en vrede.

Het Klooster is ontworpen in neogotische stijl door Jos Tonnaer. Hij was architect leerling van Pierre Cuypers. De belangrijkste bouwmeester uit de 19de eeuw die o.a het Rijksmuseum en het station van Amsterdam en kasteel Haarzuylens heeft gebouwd. De bouw werd geleid door Jan Gommarus van der linden, hij was geboren en getogen in Woerden. Wat meteen opvalt als je voor het pand staat is dat de voorgevel niet evenwijdig loopt aan de wilhelminaweg. Dit heeft de architect bewust gedaan om de godsdienstoefeningen van het klooster en die van de kerk met elkaar te verbinden. Het pand is daarom 10 procent afwijkend noordwaarts zodat deze perfect aansloot op de kerk. Het klooster is gebouwd in een vierkant waarin oorspronkelijk een binnentuin zat. Deze hebben ze in 1994 gesloten om vervolgens te overkappen en bij het pand te betrekken. Het Klooster bestaat verder uit vier vleugels, die binnen ongeveer 10 meter breed zijn. Hier gaat 3 meter vanaf waardoor de kamers 7 meter breed zijn. In zijn totaliteit had het klooster 70 vertrekken.

Op 18 oktober 1897 werd de eerste steen gelegd. Op deze dag heeft de architect een koker met daarin enkele zilveren munten geplaatst in de verhoogde trap. Deze liggen hier tot en met de dag van vandaag nog begraven.

Omdat er in deze ruimte geen zon kon komen was het niet mogelijk voor de broeders om hier gewassen te verbouwen. Om toch de ruimte te benutten gebruikten de broeders het om te timmeren en hun eigen bier te brouwen. Momenteel is deze ruimte de theaterzaal van het klooster. Deze zaal is in 1994 gebouwd. Hier zijn circa 80 professionele voorstellingen met meer dan 10.000 bezoekers per jaar. Verder zijn er ook lezingen, leerling avonden en wordt de zaal verhuurd aan verschillende Woerdense partijen. De tribune die in 2004 opnieuw gebouwd is, biedt plaats aan 180 bezoekers.

Het Klooster is het enige theater in Nederland dat gebouwd is in een voormalige kloostertuin.